1.评估主体与评估实施主体未明确
关于评估主体，大部分省市未明确要求,与评估主体相关的表述形式主要有三类：市（县、区）人民政府、市（县、区）人民政府有关部门、征地项目所在镇（街道）。如广东、浙江明确市（县）人民政府组织开展社会稳定风险评估，上海、天津明确区人民政府负责组织开展征地社会稳定风险评估工作；安徽明确市、县（市）人民政府组织有关部门开展社会稳定风险评估。明确评估主体的地方极少，如山东淄博：征地项目所在地的区县政府负责本辖区征地社会稳定风险评估工作，以征地项目所在镇（街道）为评估主体。
关于实施主体，主要是评估主体或第三方实施，实际多为第三方实施。如上海提出区人民政府可以指定相关部门具体实施征地社会稳定风险评估工作，该部门可以委托第三方开展评估；天津提出区人民政府应当指定相关部门或者委托第三方专业机构开展征地社会稳定风险评估。目前征地稳评中还存在一类实施主体，针对部分已明确建设项目的征地，项目单位或其委托的第三方作为实施主体。
2.评估程序的主要模式差异较大
上海印发的指导意见提出征地社会稳定风险评估的工作程序为：制定方案、听取意见、分析预测、确定等级、编制报告、组织评审。其他省市征地稳评也基本按以上工作程序开展，所不同的主要是最后一个环节，目前的工作程序主要是两种模式：一是上海的评估报告+评审报告模式，采取此类模式的省市，总体程序类似上海，有些地方报告名称为分析报告+评估报告，名称与上海有差异，但内容基本一致。二是评估实施主体编制评估报告，然后采用评估主体自评的模式，征地主管部门或评估主体组织相关部门、专家、村民代表会议评审并出具评审意见，类似河北、山东部分地区目前采取的模式。
3.征地稳评开展时段有较大争议
针对征地稳评开展时段主要有两种意见，一是按照《实施条例》（征求意见稿）第三节土地征收的相关要求，在土地征收启动公告、现状调查后，在编制征地补偿安置方案之前开展。二是结合土地现状调查，与征地补偿安置方案编制及公告等同步开展，征地报批前完成。如在编制征地补偿安置方案之前开展社会稳定风险评估工作，针对征地利益相关者的调研只能反映利益相关者的初步意见，毕竟调查时征地补偿安置方案尚未出台，后期补偿安置方案出台后，利益相关者的态度可能会发生变化。如在编制征地补偿安置方案后开展稳评工作，则与《实施条例》（征求意见稿）相冲突，《实施条例》（征求意见稿）第二十九条提出，县（市）人民政府应当依据社会稳定风险评估结果，组织有关部门编制征地补偿安置方案。
4.部分征地稳评与项目稳评工作重复
符合新《土地管理法》第四十五条规定的情况下，可以开展征地，征地又分为已明确项目征地和未明确项目征地，针对已明确项目的情况下，按规定工程项目需要做社会稳定风险评估，征地也需要做社会稳定风险评估，此类情况下，征地风险是项目风险的一个组成部分，如果项目的主要风险也是征地风险，则针对征地做的稳评报告和针对项目做的稳评报告主要内容是重复的。
5.风险等级的评判标准及评估结果的运用未明确
针对社会稳定风险的评估等级，有以下几种模式：一是中办、国办《关于建立健全重大决策事项社会稳定风险评估机制的指导意见（试行）》（中办发〔2012〕2号）（以下简称中办发2号文）提出的高、中、低风险等级，这也是目前采用最广泛的等级划分方式；二是国资委《关于建立国有企业改革重大事项社会稳定风险评估机制的指导意见》（国资发〔2010〕157号）（以下简称国资发157号文）提出的A、B、C、D四个风险等级；三是《浙江省重大决策社会风险评估实施办法》（浙委办发〔2019〕53号）（以下简称浙委办发53号文）提出的高、中高、中、中低、低五个风险等级。
按照中办发2号文的要求，高风险不能实施或调整方案、降低风险等级后再行决策，中风险待采取有效的防范、化解措施后再实施，低风险可以实施；按照国资发157号文的要求，A级事项可付诸实施，B级事项可付诸实施并尽量化解风险，做好预案，C级事项待不稳定风险消除后方可实施，D级事项应暂缓实施；按照浙委办发53号文的要求，低风险可以实施，中低风险可以实施但需落实风险防范化解措施，中风险暂缓实施，待采取防范化解措施降低风险后再予以实施，中高风险中止实施，待时机成熟后再评估论证，高风险不予实施。
目前已发布征地稳评指导意见的上海提出评估报告要确定风险等级，但并未明确哪个等级可以实施、不能实施；山东淄博征地风险等级分为高风险、中风险、低风险三类，通过评估论证小组论证作出实施、暂缓实施、暂不实施的结论。实际征地稳评工作中，大部分省市要求必须低风险方可实施，可能造成部分风险等级为中风险但风险总体可控的项目无法实施。
6.征地稳评责任追究制度有待完善
已出台征地稳评指导意见的上海和山东淄博，均提出了责任追究问题，上海提出：存在弄虚作假等违法违规情形的，应当依法追究相关责任；山东淄博提出：未按照本办法开展社会稳定风险评估工作，引发重大社会稳定问题或造成严重后果的，依法依规追究相关人员的责任。
相比而言，山东淄博的要求更为宽松，毕竟开展稳评的项目，只有极低比例项目会引发重大社会稳定问题或造成严重后果，只有此部分项目未按要求操作才追究相关人员责任，其他项目即使未按要求开展工作，比如虚假调研等，因为未出现问题造成严重后果，也不追究责任。
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